广东省科学院微生物研究所(原广东省微生物研究所)前身为中科院中南真菌研究室，于1964年5月19日经国家科委批准成立，1972年改为广东省微生物研究所，隶属于广东省科学院，2021年1月更名为广东省科学院微生物研究所。依托研究所，广东省微生物分析检测中心于1999年经广东省编办批准成立。现有员工446人，在读博士和硕士研究生166人，在站博士后13人。其中专业技术人员414人，博士101人，硕士110人。具有正高级职称30人，副高级职称33人。已建成由中国工程院院士、国家“***”科技创新领军人才、国家***万人才工程入选者、国家优秀青年基金获得者、“珠江人才计划”青年拔尖人才、广东“特支计划”杰出人才、科技创新领军人才和青年拔尖人才等为领军科学家的六大研究中心，在微生物应用基础研究、行业共性关键技术创新及科技服务、微生物高技术成果转移转化方面，研究所己成为国内领军科研机构。
作为具有热带亚热带区域特色与优势的微生物学专业科研机构，广东省科学院微生物研究所面向国家和广东省社会经济发展对微生物学的重大需求，长期重点致力于具有热带亚热带特色的微生物资源、微生物与生态环境、食品安全及健康等相关基础、应用基础及公益性研究，开展为支撑生物技术相关行业可持续发展的共性关键技术研究及储备性前沿技术探索;形成了资源微生物学、环境微生物学、分析微生物学和霉腐微生物学等四大国内优势学科，具备硕、博士研究生培养能力，拥有博士后科研工作站。依托研究所建成了华南应用微生物国家重点实验室、国家专利菌种保藏机构—广东省微生物菌种保藏中心、国家广州化学品生态环境安全评价服务中心、国家生物产业基地公共实验中心、广东省菌种保藏与应用重点实验室、广东省微生物安全与健康重点实验室、广东省微生物应用新技术公共实验室、广东省微生物芯片工程技术研究中心、广东省环境微生物工程技术研究中心、广东省抗微生物材料与抗菌检测工程技术研究中心、广东省微生物资源工程技术研究中心、广东省饮用水安全应急技术研究中心以及华南地区最大(全国第二大)的大型真菌标本馆等一大批国家和省部级科技创新平台。目前，研究所是国家微生物种业产业技术创新战略联盟理事长单位、中国食品科学技术学会副理事长单位、中国食用菌协会副会长单位，是广东省微生物学会、广东省食用菌行业协会、广东省生物技术生产力促进中心的挂靠单位。
